כשהוקמה מדינת ישראל ב-1948 מנתה הקהילה היהודית במרוקו כ-265 אלף יהודים. בתקופה זו, כשהמאבק ללאומנות של העם המרוקני התגבר, התגברו גם הטרור, הרדיפה וההסתה נגד יהודים, ומצבם הורע: בתולדות יהדות מרוקו זכורים הפרעות ביהודי אוג'דה, שהתרחשו ביוני 1948 במהלכם נהרגו יהודים בהם ילדים, נשים ורב הקהילה. הקמת המדינה, עוררה התרגשות והפיחה תקווה, ועד 1956 כאשר מרוקו עדיין בחסות צרפתית, עלו לישראל כ-85 אלף יהודים.
כששב מוחמד ה-5 מגלותו ומרוקו קיבלה את עצמאותה, נאסרה עליית יהודים לישראל גורם, שדרבן את העליה "הבלתי לגלית", בסיוע אנשי מחתרת יהודית ופעילי מוסד. למרות הצהרות מוחמד ה-5, לביטחון והגנה, והבטחותיו לשמירה ושילובם בחיי המדינה, עדיין חששו היהודים לגבי עתידם. כשהתגברו קולות לאומניים, שקיבלו השראה מהליגה הערבית וקיצוניותו של עבד אל נאצר, המשיך זרם העליה, ובמשך כ-5 שנים, עד 1961 עזבו עשרות אלפי יהודים את מרוקו והוברחו במסלול יציאה חשאי בספינות לצרפת וספרד, ומשם לישראל.
אחת הספינות "אגוז", שנשכרה על ידי המוסד הפליגה בסיוע המחתרת היהודית 12 פעמים, עם מעפילים מאל-חוסיימה בצפון כאשר על סיפונה 40-50 מעפילים. בהפלגתה ה-13, ב-10 לינואר 1961, טבעה הספינה "אגוז" בדרכה לגיברלטר ו-44 יהודים שהיו על סיפונה טבעו, בהם אלחוטן ואיש צוות ספרדי. 22 גופות נמשו והשאר לא נמצאו מעולם. הגופות נקברו בבית עלמין היהודי באל-חוסיימה.
אסון טביעת הספינה "אגוז", הגביר את הלחץ הבינלאומי על מרוקו, עלייתו של חסן ה-2, ורצונה של מרוקו להתקרב למערב, סייעו בהגמשת התנאים ומדיניות היציאה בהסכם, דרך תחנות ביניים, כאשר ישראל נאלצת לשלם כופר עבור כל עולה. עד 1964 עזבו את מרוקו כ-80 אלף יהודים עד, שבשנת 1967 בתקופת מלחמת ששת הימים, כאשר היהודים חשו מאוימים, התגבר גל עליה חדש לישראל ועשרות אלפים עזבו את מרוקו – למעשה כ-90 אחוז היהודים, שחיו בה עלו לישראל, חלקם היגרו לצרפת וקנדה.
העלאת עצמות חללי אגוז לישראל
המלך חסן ה-2 הסכים להעלאת עצמות חללי אגוז לישראל כבר בפניה הראשונה אלא, שהעדיף לחכות למועד מתאים, בהתחשב ברגישות כלפי העולם הערבי והפלסטינים. בדצמבר 1992, ובתיווך גורמים שונים בהם סם בן שיטרית, יו"ר הפדרציה העולמית של יהדות מרוקו, הועלו עצמותיהם של הקורבנות ונטמנו בטקס ממלכתי בהר הרצל.